Mange gange behandler fysioterapeuten kun f.eks. knæet, hvis det er det skadede område. Men en fysioterapeut med baggrund i pilates vil se på hele kroppen, på holdning, vejrtrækning og bevægelighed samt kropskontrol, kropsbevidsthed, balance og flow. I øvelserne under rehabiliteringen, vil pilates fysioterapeuten derfor sørge for at komme hele kroppen rundt, fysioterapeuten vil undersøge hvorfor skaden er kommet og pilatesøvelserne vil gøre at de ikke kommer igen. Pilates bruges derfor som rehabilitering efter en skade korrigeret af en fysioterapeut, men også som forebyggende og vedligeholdende træning.
Pilates egner sig til alle patient-kategorier, da øvelserne kan pro- og regredieres efter behov. Derudover er øvelserne skånsomme for kroppen, man ser ikke de typiske overbelastningsskader ved pilates, da der ikke er hårde stød eller tunge vægte. Til gengæld er det effektiv, udfordrende træning som øger ens kropsbevidsthed, forbedrer ens holdning, øger ens lungekapacitet ved forbedret vejrtrækning, giver bedre bevægelighed samt kropskontrol og balance.
